Sichere Belege für die Besiedelung Schnaitheims liegen seit der Bronzezeit (1500–1300 v. Chr.) in den Tannen- und Seewiesen vor. Das Fundmaterial lässt eine lange Siedlungsplatzkontinuität über die Urnenfelder-, Hallstatt- und Römerzeit bis ins merowingerzeitliche Frühmittelalter vermuten. „Sneiten“ wurde dann Ende des 8. Jahrhunderts erstmals genannt, als der Franke Ratpraht dem Kloster Fulda (vermutlich konfiszierte alamannische) Eigengüter gab. Zunächst hellensteinischer Lehensbesitz wurde Schnaitheim (und die ganze Herrschaft Heidenheim) an die Herren v. Gundelfingen, v. Rechberg und v. Helfenstein vergeben. 1448 verkauften die Helfensteiner das Heidenheimer Land (mit Schnaitheim) an Württemberg, das 1450 nach einer bayerischen Zwischenherrschaft 1504 wieder an Württemberg fiel. Eine Burg stand bereits im 12. Jahrhundert, im 15. Jahrhundert gehörten zum Dorf der Meierhof, 5 Lehen, 3 Huben,19 unbezimmerte Gütlein und 30 Selden, davon eine als Badhaus und eine andere als Taverne genutzt.

1492/94 ist in Schnaitheim das Ortsgericht und 1608 ein Schulhaus bekannt, in das auch die Aufhausener Kinder kamen. Der 30-jährige Krieg dezimierte die Zahl der Haushaltungen von 175 (1634) auf 43 (1655). Erst 1732 hatte die Häuserzahl wieder 128 erreicht. Der historische Kern befindet sich um die Straßenverbindung nach Würzburg, am Rathaus, Brenzle, Mühl- u. Kapellstraße. Im Verlauf der Industrialisierung, ab dem 19. Jahrhundert, ging der landwirtschaftliche Charakter verloren und Schnaitheim entwickelte sich zum Arbeiterdorf. 1910 wurde es mit Aufhausen nach Heidenheim eingemeindet.

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